首都医科大学儿科学系成立于2003年，以附属北京儿童医院为挂靠单位，整合宣武医院、附属北京友谊医院、附属北京朝阳医院、附属北京同仁医院、附属北京天坛医院、附属北京安贞医院等首医系统临床医学院和教学医院儿科学资源，进行儿科学科建设和儿科高级人才培养的综合学科平台，是全国特别是北京市儿童疾病的诊疗基地，以进一步完善儿童医疗卫生服务体系建设，提高儿科医疗服务能力，缩小区域间医疗技术水平差距，促进医疗资源合理分布和均衡发展为宗旨。

首都医科大学儿科学于2007年获批国家重点学科，学系现拥有国家儿童肿瘤监测中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家中西医协同旗舰医院试点单位等12个国家级平台，8个国家临床重点专科，4个北京市重点学科：急救专业、普外专业、小儿白血病专业、中医小儿脾胃病专业；5个北京市重点实验室：儿童耳鼻咽喉头颈外科、儿童血液病与肿瘤分子分型、儿童呼吸道感染性疾病研究、儿童慢性肾脏病与血液净化、出生缺陷遗传学研究；2个北京市级研究平台：北京市儿童外科矫形器具工程技术研究中心、儿童重大疾病北京市国际科技合作基地以及16个市级医疗中心。儿科学系挂靠单位附属北京儿童医院设有疑难病例会诊中心和国际远程会诊中心，儿科疑难重症疾病的诊断治疗水平居国内领先地位，是中华医学会儿科学分会、儿外科分会，中国医师协会小儿外科医师分会，中华护理学会儿科专业委员会主任委员单位。

儿科学系拥有中国现代儿科医学奠基人诸福棠、小儿白血病专业学科带头人胡亚美、中国小儿外科创始人之一张金哲等国内儿科界仅有的三位院士。目前拥有“国”字号高层次人才48人次（含国家杰出青年科学基金获得者1人，国家卫生健康委突出贡献中青年专家1人，国家“百千万”人才工程入选者1人，国家优秀青年科学基金获得者1人，享受国务院政府特殊津贴专家37人，教育部高等学校教学名师1人等顶尖人才）。拥有硕士学位点15个，博士学位点7个，研究生导师共166人（博士生导师70人，硕士生导师96人）；高级职称以上专业技术人才666人；国家级学会主委/副主委专家46人次；承担着博士、硕士研究生、七年制儿科专业、护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，在站专职博士后研究人员31人，每年为社会输送大量优秀儿科人才。近5年（2018-2022）年共承担国家级项目116项，其中国家自然科学基金项目105项，发表SCI文章1373篇，获批科研经费51851.5036万元，获发明专利40项，出版专著116部。

儿科学系在全国儿科界占有很高的地位，在国际儿科界也有着广泛联系及重要影响，江载芳、申昆玲等专家在国际儿科学会、太平洋地区小儿外科学会、亚洲小儿外科学会、亚洲儿科学会等国际学术团体中担任负责人。

首都医科大学儿科学系将继续加强重点学科建设，提升科研整体实力，加快人才梯队培养，充分发挥学科领航地位，下沉优质医疗资源，切实提高儿科学系成员单位医疗技术及综合服务水平，不断将儿科学系打造成重大新技术转化应用中心、高层次人才培养中心及高水平科研创新中心。