医院事务管理处是学校负责附属医院（临床医学院）、教学医院、教学基地事务协调、管理以及临床医学学科建设相关工作的职能部门。

1、负责学校各附属医院（临床医学院）、教学医院、教学基地相关事务的管理及协调工作；

2、负责学校临床专科学院（系）建设及管理工作；

3、负责学校临床诊疗与研究中心建设及管理工作；

4、协调、整合附属医院（临床医学院）、教学医院、教学基地医疗、教学、科研资源，促进学校临床和基础优势资源整合、科技创新和共同发展；

5、与上级卫生、教育等主管部门沟通，协调各附属医院（临床医学院）、教学医院、教学基地发展与运行过程中的有关事项；

6、完成上级主管部门交付的国家医学中心、国家临床医学研究中心以及国家和北京市临床专科能力建设项目等相关工作事宜；

7、负责各附属医院（临床医学院）、教学医院、教学基地相关指标评估工作；

8、完成各级行政主管部门下发的各项医院管理任务；

9、承担校党委和行政交办的与各医院相关的其它工作。